Filtern
Dokumenttyp
Sprache
- Englisch (1)
- Mehrsprachig (1)
Schlagworte
- Feldforschung (2) (entfernen)
Institut
Background
In light of the current biodiversity crisis, DNA barcoding is developing into an essential tool to quantify state shifts in global ecosystems. Current barcoding protocols often rely on short amplicon sequences, which yield accurate identification of biological entities in a community but provide limited phylogenetic resolution across broad taxonomic scales. However, the phylogenetic structure of communities is an essential component of biodiversity. Consequently, a barcoding approach is required that unites robust taxonomic assignment power and high phylogenetic utility. A possible solution is offered by sequencing long ribosomal DNA (rDNA) amplicons on the MinION platform (Oxford Nanopore Technologies).
Findings
Using a dataset of various animal and plant species, with a focus on arthropods, we assemble a pipeline for long rDNA barcode analysis and introduce a new software (MiniBar) to demultiplex dual indexed Nanopore reads. We find excellent phylogenetic and taxonomic resolution offered by long rDNA sequences across broad taxonomic scales. We highlight the simplicity of our approach by field barcoding with a miniaturized, mobile laboratory in a remote rainforest. We also test the utility of long rDNA amplicons for analysis of community diversity through metabarcoding and find that they recover highly skewed diversity estimates.
Conclusions
Sequencing dual indexed, long rDNA amplicons on the MinION platform is a straightforward, cost-effective, portable, and universal approach for eukaryote DNA barcoding. Although bulk community analyses using long-amplicon approaches may introduce biases, the long rDNA amplicons approach signifies a powerful tool for enabling the accurate recovery of taxonomic and phylogenetic diversity across biological communities.
Die vorliegende Habilitationsschrift widmet sich der Begegnung von partizipativen Entwicklungsansätzen und Ethnologie, ihren Chancen, ihren Gefahren und ihren Grenzen. Sie tut dies empirisch dort, wo die Begegnung derzeit am breitesten stattfindet: in der internationalen Entwicklungszusammenarbeit (EZ). Von ethnologischer Seite bedeutet dies eine Fokussierung auf den Teilbereich des Faches, der sich vorwiegend mit der Thematik EZ beschäftigt: die Entwicklungsethnologie. Das erste Kapitel gibt einen Überblick über den State-of-the-Art der deutschen Entwicklungsethnologie. Von den partizipativen Ansätzen wurde beispielhaft derjenige gewählt, der in der EZ in den letzten 10 Jahren am meisten rezipiert und in Projekte und Programme eingebunden wurde. Er firmiert in Entwicklungskreisen unter den Labeln Rapid Rural Appraisal (RRA) bzw. Participatory Appraisal (PRA). Seine wesentlichen Kennzeichen, seine unterschiedlichen Verwendungsbereiche und seine Begegnung mit der Ethnologie werden im zweiten und dritten Kapitel skizziert. Zwei Fallbeispiele (in Tansanias Rukwaregion und bei Russlanddeutschen in der Nähe von Nowosibirsk) zeigen, wie der Einsatz von PRA in der Projektpraxis bzw. im Rahmen einer ethnologischen Lehrforschung aussehen kann. Auf dieser empirischen Basis wird das Label "PRA" auf seine Verwendungen in der Praxis hin analysiert, seine Grenzen und Herausforderungen bestimmt und Anschlusspunkte für eine kritische Entwicklungsethnologie gesucht. Ein Kapitel zur notwendigen Frage der Ethik in der praxisbezogenen entwicklungsethnologischen Forschung schließt sich an, bevor in einem umfassenden Versuch die Fäden zusammen geführt und die Begegnung von Ethnologie und Partizipation an den Schnittstellen von Entwicklung ausgeleuchtet werden. Das einführende Kapitel bildet den Rahmen und die Klammer für die nachfolgenden Beiträge. Es verortet den Partizipationsdiskurs in den zwei Feldern, in denen sich Entwicklungsethnologie und die PRA-Methoden entwickelt haben. Es wird die Frage geklärt, in welchem Rahmen die Begegnung von partizipativen Ansätzen mit der internationalen EZ und mit der ethnologischen Fachgeschichte stattgefunden haben. Am Ende der Einleitung wird ein Ausblick aus heutiger Sicht (Ende 2002) vorgenommen. Mein persönliches Interesse an der Thematik und die empirische Legitimation für diese Arbeit sind berufsbiographischer Natur. 1992 war ich der Einladung eines Fachkollegen gefolgt, im Rahmen eines Forschungsauftrages den damaligen Stand partizipativer Ansätze in der deutschen und internationalen staatlichen Zusammenarbeit zu erheben (vgl. Schönhuth / Kievelitz 1993). Als angewandt arbeitender Ethnologe, der zwar teilweise praktisch forscht und berät, sein Standbein aber in der akademischen Forschung und Lehre hat, stellte sich mir die Frage, ob, und wenn ja wie sich die eher rasch und handlungsorientiert arbeitenden partizipativen Ansätze der EZ mit klassischen ethnologischen Methoden verbinden lassen.